本財団の組織は、その創立以来、いくつかの変遷を経ていますが、公益財団法人移行にともない、評議員会は、定款に定める議決事項及び法令定められた事項の決議を行い、理事会は、事業運営に関する重要事項を議決し、事業の執行を決定しています。また、研究部、総務部の２部と市政専門図書館の２部１館制となっています。そして理事長のもとに、常務理事２名がそれぞれ研究部・図書館と総務部を分任しています。研究部は調査研究、出版編集業務を、市政専門図書館は図書館業務を、総務部は総務、経理、会館管理業務を分掌しています。